统一政权的重建
　东汉政权建立后，立即出动大军渡河南征。首先是扫荡更始政权在各地的残余势力，然后集中主力镇压赤眉军。建武元年八月，攻取洛阳。这年十月，刘秀由河北至洛阳，遂定都于此。建武二年（公元26年）春天，邓禹率部到达关中地区，趁赤眉军撤离长安到扶风（今陕西兴平）的时机进入长安。不久，赤眉军复还长安，击败邓禹军，迫使其撤出关中。但这时赤眉军也遇到了很大的困难：一方面，关中地区的豪族地主结成营垒，负隅顽抗；另方面，关中又接连发生灾荒，粮草供应非常困难。赤眉不得已再度撤离长安，决意引兵东归。不料在东归途中陷入汉军的重围之中。建武三年（公元27年）正月，光武以邓禹屡战败绩，乃命偏将军冯异为征西大将军，代邓禹总统诸军；又命邓禹率军与冯异会合，在崤山（今河南渑池以南）一带布防，狙击赤眉军。崤底（今河南渑池西南）之役，赤眉军大败，损失八万余人。余众十余万人南走，在宜阳（今河南宜阳县西）附近陷入重围。光武“自将征之”，赤眉忽遇大军，非常惊震，乃遣刘恭乞降。
　镇压农民起义后，东汉采取各个击破的战略方针进攻南北各地的封建割据势力。从建武五年至十二年（公元29~36年）之间，陆续消灭掉渔阳的彭宠，南郡的秦丰，梁地的刘永，齐地的张步，卢江的李宪，东海的董宪，汉中的延岑，夷陵的田戎，陇西的隗嚣，安定的卢芳和巴蜀的公孙述，重建统一的刘汉封建政权。
　为了巩固新建的东汉封建政权，光武汲取历史的经验教训，先后采取了一系列加强皇权和缓和阶级矛盾的政策措施。
　集权于尚书台
　光武以优待功臣贵戚为名，赐以爵位田宅，高官厚禄，而摘除其军政大权。光武鉴于西汉前期三公权重，权柄下移，虽设三公之位，而把一切行政大权归之于设在中朝由皇帝直接指挥的尚书台。尚书台设尚书令一人，秩千石，尚书仆射一人，六曹尚书各一人，秩皆为六百石，分掌各项政务。以下设有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚书台直接禀陈皇帝，由皇帝裁决。从此，“天下事皆上尚书，与人主参决，乃下三（公）府”；“虽置三公，事归台阁”，“三公之职，备员而已”。但是到了东汉后期，有权势的大臣多加“录尚书事”的职衔，从而权柄再度下移，尚书台又蜕变为权臣专政的工具。
　简化机构，裁减冗员
　建武六年（公元30年）下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。
　提倡儒学，表彰气节
　光武继承了西汉时期独尊儒术的传统，东汉建立后，即兴建太学，设置博士，各以家法传授诸经。光武巡幸鲁地时，曾遣大司空祭祀孔子，后来又封孔子后裔孔志为褒成侯，用以表示尊孔崇儒。特别是对儒家今文学派制造的谶纬迷信更是崇拜备至。早在东汉建立之初，光武就仿照王莽、公孙述等人利用谶书作为其承受天命的依据，指使他过去的同学强华伪造了一个叫做“赤伏符”的谶语：“刘秀发兵捕不道，四夷云集龙在野，四七之际火为主”，表示他继承了西汉的火德，是“上当天地之心，下为元元所归”的真命天子。东汉统一全国后，更“宣布图谶于天下”，把谶纬迷信尊为“内学”，作为其维护封建统治的思想工具。在提倡儒学神学的同时，光武鉴于西汉末年一些官僚、名士醉心利禄，依附王莽，乃表彰气节，对于王莽代汉时期隐居不仕的官僚、名士加以表彰、礼聘，表扬他们忠于汉室、不仕二姓的“高风亮节”，企图养成重名节的社会风气，为巩固东汉封建统治服务。